สมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 2 เสด็จพระราชสมภพ ณ กรุงมาดริด ในปี 1830 เป็นพระราชธิดาพระองค์โตในพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 7 แห่งสเปน กับสมเด็จพระราชินีมารีอา คริสตีนา พระมเหสีพระองค์ที่สี สมเด็จพระราชินีมารีอา คริสตีนา ทรงเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินเมื่อวันที่ 29 กันยายน 1833 เมื่อสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 2 พระราชธิดาของพระองค์ที่มีพระชนมายุเพียง 3 พรรษา ทรงได้รับการประกาศให้เป็นสมเด็จพระราชินีนาถภายหลังการสวรรคตของพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 7

สมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 2 ได้ครองราชบัลลังก์เพราะพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 7 เป็นผู้ชักนำให้เกิดกอร์เตสเฆเนราเลส ซึ่งจะช่วยปกป้องพระองค์จากกฎหมายแซลิก และทำให้บูร์บงเป็นที่รู้จักในคริสต์ศตวรรษที่ 18 และยังมีการแก้ไขกฎหมายเก่าของสเปนอย่างต่อเนื่อง ทำให้เกิดผู้อ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์ครั้งแรกซึ่งก็คือพระอนุชาของพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 7 เจ้าชายการ์โลส เคานต์แห่งโมลีนา เจ็ดปีระหว่างการต่อสู้ของชนกลุ่มน้อย สมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 2 แห่งสเปน กับเจ้าชายการ์โลส เคานต์แห่งโมลินาและเหล่าผู้สนับสนุนในชื่อการ์ลิสต์ พยายามทำสงครามกันอย่างต่อเนื่องจนเกิดเป็นสงครามการ์ลิสต์ ในคริสต์ศตวรรษที่ 19